清雍正年间，少林寺接连出现离奇命案，数名弟子神秘死亡，少林三十六代和三十七代掌门也相继被害，康熙御赐的墨玉香炉被盗，所有疑点都指向俗家弟子雷鹏飞（黄家达）。雍正帝（江南）欲借题发挥，命玉格格（龙君儿）前往少林逼少林交出盗宝者，现任掌门圆慧（鲁平）只得答应若限期内查不出凶手就焚寺自尽。雷鹏飞在师祖田智（张翼）和女俗家弟子柳芝兰（上官灵凤）的协助下查出了真凶圆慧，但是似乎圆慧背后还有一个人。

程家少爷程亦鹏（范冬雨 饰）痴迷武术，程父试图用婚姻约束其行为，程亦鹏遂决定远上少林做俗家弟子，如此既可躲避习武力强的未婚妻小翠，又能学习少林功夫，在与心上人小晴（何晴 饰）话别后，亦鹏奔赴少林。然而师父恒德（赵小锐 饰）日日只是让一班俗家弟子做苦工，不肯教授少林功夫，师兄弟们虽不满却也无可奈何，加之小晴在少林附近落脚，程亦鹏和师兄弟们学着用各种方法苦中作乐。曾经被逐出少林的一游侠在遍访名师后，意欲挑战少林，以报当年未学到武功之恨，程亦鹏等俗家弟子被游侠多次殴打，恒德欲同游侠较量反被方丈关入藏经阁。程亦鹏

北少林棍僧智明（李连杰 饰）为报父母之仇，日日苦练功夫，他天性纯良聪明，深得师父器重。这天，智明收下的一班顽童“徒弟”向他报信，声称退隐多年的赫索王爷再度出山摄政，智明听闻杀父仇人消息怒发冲冠，随即下山为赫索祝寿伺机行刺。与此同时，和智明一样与赫索有血海深仇的莆田南少林俗家弟子司马燕（黄秋燕 饰）亦北上刺杀赫索，南少林派出另一俗家弟子赵威（胡坚强 饰）暗中接应与保护司马燕。在赫索的寿诞庆典上，智明、司马燕与赵威等人联手行刺，却仍然功亏一篑，三人在重重围堵中逃出，而路上，智明发现司马燕居然是他指腹为婚的未婚

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰 饰）是红花会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华 饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗 饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至菩禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往红花会…

《许你三世情深》讲述妄尘的故事。第一世：少林寺的俗家弟子妄尘偶遇一只桃花妖，师傅发现后将妄尘赶下山，此后二人相依为命，后因桃夭为救他而死，妄尘因此入魔。