故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。

家住密西西比河边的少年埃利斯和好友奈克在河中心的小岛上发现了一艘废弃的船，同时还有暂住在船上的神秘流浪男子玛德。玛德自称幼年时生活于此，因行动不便拜托埃斯利和奈克给予他帮助。家庭处于分崩离析边缘的埃利斯近于本能地信任玛德，向后者提供食物，并了解到玛德与青梅竹马恋人珍妮弗痴缠多年并为之杀人的往事，原来玛德此刻在孤岛上正是为了躲避赏金猎人的追杀，同时欲带走珍妮弗。埃利斯愿意相信玛德的爱情，尽管生活充满了令人失望的底色，他愿意助这位陌生的大朋友一臂之力。