故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。

本片讲述了一个科幻悬疑的故事：翼生与林溪为查明校花消失的真相，被牵扯进一个巨大的科技阴谋中，一切都源自叶芊和翼教授在科学实验中的矛盾分歧，叶芊认为长久的实验研究得出了成果就应该公之于众，用于临床，为了科学的进步所有的牺牲都是值得的；而翼教授认为，再伟大的科学成果，如果他违背人性都应该立刻制止。

传闻西王母拥有长生之术，摸金校尉霍安奉旨前往求仙，却遭遇异虫袭击。霍安无意间得到昆仑瓶，却被其能量所困，成为一座冰晶体，千年不化。 千年后，精通五行的张逍航为了寻找父亲，进入霍安墓，却意外使其复活，昆

传闻西王母拥有长生之术，摸金校尉霍安奉旨前往求仙，却遭遇异虫袭击。霍安无意间得到昆仑瓶，却被其能量所困，成为一座冰晶体，千年不化。 千年后，精通五行的张逍航为了寻找父亲，进入霍安墓，却意外使其复活，昆