邻埠高级长官荣大刚结束了对香港的访问即将离开，然而在机场，突然出现杀手行刺荣。荣大刚身中三枪生命垂危，张志诚警司（任达华 饰）将逃跑时坠楼的女杀手逮捕。随后此案被交给总督察姚天明（方中信 饰）负责

真理之箱已经透露是当年Alteran人研制的一个洗脑装置，它引起了在道德和哲学上的极大争议，赞成使用的一派Alteran人后来成为Ori，反对的一派离开家乡星系并最后到了银河系，就是古人。在这部电影里，主角们必须使用它来消灭Ori，但这个决定是艰难的，因为一旦使用，在本质上就与Ori毫无区别。