讲述在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。他们的诞生理由各有不同。既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——

在未来，全球成立了一个处理各类超常规、突发情况的超常规事件处置中（Supernormal event Processing，简称SEP），某天处置中心收到一组来自某山洞的模糊神秘广播信号，处置中心决定派第9特遣小队调查此事。穿越山洞之后，特遣队竟然来到了一个名为桃花源的古镇，在这里他们发现所有的生命都死去了，而小镇里出现了另一队和自己一模一样的特遣队员。