海上发现了一艘无名船，菲尔曼和爱娃前去船上查看，结果发现船上安装了爆炸装置，反应机敏的菲尔曼火速跳下水，不一会儿，船爆炸了。在爆炸现场发现了菲尔曼年轻时的东西，所以他认为杀手是以前的同事亚历山大·雷斯尼亚克。在餐厅里亚历山大·雷斯尼亚克和菲尔曼谈话，被克里斯波看到，误认为他们两个狼狈为奸。亚历山大在餐厅放在炸弹并炸伤很多人，逃跑时被菲尔曼发现，亚历山大·雷斯尼亚克驾艇逃走，菲尔曼和爱娃紧随其后，雷斯尼亚克差点掉入悬崖，菲尔曼却救了他，可他把爱娃打伤。菲尔曼在海上与亚历山大·雷斯尼亚克进行交易，雷斯尼亚克得

安妮和杰克的恋情并未走到最后，失落的安妮决意不再与特警恋爱，现任男友亚历克斯为爱情隐藏特警身份，但无奈还是暴露，于是携安妮前往加勒比海度假作为弥补。在他们的游轮上，潜藏着一名危险人物——设计轮船操作系统的工程师基格，基格身患绝症却遭到解雇，他为了报复公司掌控了轮船的自动航行系统，在船内装满炸弹，船长只得与乘客弃船，危机关头，亚历克斯挺身而出，与安妮返回船上救助被困的乘客。在游轮冲向毁灭终点的同时，安妮又落入了基格之手……

延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上......

汤姆幼年丧母，由姨妈收养。聪明顽皮的汤姆受不了姨妈和学校老师的管束，常常逃学闯祸。一天深夜，他与好朋友哈克贝里·芬到墓地玩耍，无意中目睹了一起凶杀案的发生。因为害怕被凶手发现他们知道这件事，汤姆、哈克贝里带着另一个小伙伴一起逃到一座荒岛上做起了“海盗”，弄得家里以为他们被淹死了，结果他们却出现在了自己的“葬礼”上。经过激烈的思想斗争，汤姆终于勇敢地站出来，指证了凶手。不久之后，在一次野餐活动中，他与他心爱的姑娘贝姬在一个岩洞里迷了路，整整三天三夜饥寒交迫，面临着死亡的威胁。后来终于成功脱险，和好友哈克一起

伊森·亨特和队友们接到了追回三个大杀伤性核武器的任务。眼见任务马上就能完成，但为了挽救其中一位队友卢瑟的生命，三个核武器被人趁机带走。中情局负责人斯隆女士调来她手下的得意猛将沃克，让他盯着伊森·亨特完成追回核武器的任务。期间，女特工伊尔莎突然出现，伊森·亨特发现，他要面对的并不只是恐怖分子，还有潜藏在政府部门的内鬼。