电视动画《攻壳机动队ARISE ALTERNATIVE ARCHITECTURE》是剧场版《攻壳机动队ARISE》的TV再编集，除了剧场版全4话的内容之外，还将增加2话全新的章节，而新作的内容也与2015年上映的《攻壳机动队 新剧场版》内容有所关联。

突然降临的魔兽将人类逼入灭亡边缘，最终“六英雄”出现并将远古的力量“魔术”传给人类，通过使用魔术和科技结合开发出来的“术式”，人类在这场后来被称为“第一次魔道大战”的战争中逆转胜利。然而战后，负责管理“术式”的“世界虚空情报统制机构”开始独裁统治，“斑鸠连邦”向“统制机构”竖起反旗并发动“第二次魔道大战”（人类内战），但结果仍以“统制机构”的胜利告终……内战结束2年后，2199年12月，史上最高悬赏金额最高的通缉犯拉格纳·THE·布拉德艾奇出现在阶层都市“迦具土”，单身向“统制机构”发起挑战……

真理之箱已经透露是当年Alteran人研制的一个洗脑装置，它引起了在道德和哲学上的极大争议，赞成使用的一派Alteran人后来成为Ori，反对的一派离开家乡星系并最后到了银河系，就是古人。在这部电影里，主角们必须使用它来消灭Ori，但这个决定是艰难的，因为一旦使用，在本质上就与Ori毫无区别。