曾经，一位名叫奥特曼的光之战士守护了被怪兽和外星人所侵略的地球。在危机解除后，奥特曼就离开了地球，地球从此恢复了往日的平静。人类迎来了欣欣向荣的时代。多年过去，人类看似过着和平的生活，但其实危机已经悄然接近。人类需要光之巨人帮助的时刻再次来临，所以，继承了光之遗传基因的新英雄诞生了。只不过，这位英雄不是当年的那位巨人了，他身穿装甲，体型和人类一样。而且，他还是一位高中生。他的名字叫早田进次郎。奥特曼的人间体早田进就是进次郎的爸爸。新一代奥特曼的战斗就此拉开了序幕。

变种人天启诞生于人类文明的最开端，被人类当做神一般敬仰膜拜，然而，这样的他，却遭到了他最蔑视的人类的背叛，被埋葬于废墟石砾之下，一晃眼就是数千年过去。一场意外使得沉睡千年的天启从混沌中醒来，重返人间的他却发现曾经高贵的变种人，如今境遇十分糟糕。为了创造一个属于变种人的新世界，他找到了暴风女、灵蝶，天使，还有想要过平凡生活却依旧遭到人类驱逐的万磁王组成了天启四骑士。在察觉到天启的动向后，X教授带领着魔形女、野兽和凤凰等人，发誓要粉碎天启的阴谋。