京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然,巨大的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？

正在就读白凰女学院3年级的加藤茉莉香，是个拥有“私掠船免状”的合法宇宙海贼。她不仅是学生、宇宙艇部的部长、咖啡馆的服务员，还是宇宙海贼船·弁天丸的船长，每天都过着繁忙而充实的生活。某天，正在豪华客船上开展工作的茉莉香，在乘客名单中发现了拥有银河通行证的少年·无限彼方的名字……。少年与海贼的亚空冒险就此展开！

少年海洋学校学生千浪和燕子在一次驾船航行中遭遇龙卷风。坠海时他们发现一个青花瓷笔洗，透过笔洗中的雨水，千浪和燕子看到一支装载27000人且装备精良的船队，率领这支船队的正是七下西洋的明朝航海家——郑和。千浪和燕子借助青花笔洗穿越时空，见证了郑和航海过程中的一段段惊险的历程……