琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类

考古学家们发现了四枚恐龙蛋，于是送到古生物研究室研究如何利用高科技时光孵化器来孵出恐龙，为了防止其不适应新世纪的文明社会，危害人类，最终决定在恐龙出生前向其注入文明基因。可是，因为工作人员的疏忽，文明基因只注射了一半，恐龙蛋就裂开了。与此同时，小恐龙的诞生也唤醒了在远处的山洞里沉睡千年之久的古老生物：闪龙屠兽。小恐龙从此陷入了危险之中。而滨滨等人却无意中将四只小恐龙分别带回了家，之后，小恐龙便和四位小朋友开始了不解之缘。

吴晴晴（幽灵）是国际安全联盟组织（打击变种人犯罪）的特工，奉命潜入美杜莎整形医院搜集其直属财团秘密研究基因诱导液制造变种人战士的犯罪证据。吴晴晴成功潜入，却意外被强行注射基因诱导液，在同事王胖子的协助下，逃出美杜莎地下实验室，却一路惨遭追杀。受到基因诱导液的影响，她的记忆出现暂时的混乱与缺失，幸得周扬相救，并成功度过了基因异变激化期。不同于美杜莎过往的失败案例，吴晴晴的基因与药物融合率奇迹般突破40%，引起美杜莎组织的注意而遭到全面追杀。吴晴晴陷入危机，命悬一线。危急时刻，吴晴晴基因融合率突破50%，拥有

实现了踏足宇宙的人类们，将许多资源小行星纳入了手中，并认为那未来与繁荣也会来临身边。但是，自称泛银河统一帝国的谜之势力“乌尔伽尔”对人类发起了攻击，地球陷入了生死存亡之危机。通过了基因调整、为了战斗而出生的少年少女5人：「Team Rabbits」的出(Izuru)、浅木(Asagi)、惠(Kei)、环(Tamaki)、骏河(Suruga)，驾驶最新锐战斗装置「AHSMB」进行了战斗，并在最终决战使得乌尔伽尔的部队退了兵。但在那战斗之中，出……。在这样的Team Rabbits面前，新的外敌、新的战斗在等

故事发生在《侏罗纪世界3》事件的五年后。危在旦夕的恐龙族群生存于孤岛之上，但是它们中却隐藏着能够带来人类医药奇迹的关键基因，为获取神秘基因，一支精英小队潜入恐龙禁地，然而等待他们的却是无法预知的危机和惊天阴谋……